Luego de la derrota con Banfield, Gabriel Milito anunció en conferencia de prensa que renunció a su cargo como director técnico de Independiente. Así concluyó su mandato al frente del equipo tras 19 partidos y con un porcentaje de efectividad del 52%.

Fue presentado el 20 de mayo y dirigió su primer entrenamiento el 13 de junio. De su plantel inicial, conformado por 28 jugadores, el Rojo se desprendió de nueve e incorporó a cuatro: Damián Martínez, Nicolás Figal, Juan Sánchez Miño y Damián Albil.

Durante su proceso usó 24 jugadores y 17 equipos diferentes en 19 encuentros. Sólo pudo repetir los once en una ocasión: ante Temperley (1-0) y Gimnasia (0-0). Además, utilizó cuatro sistemas tácticos diferentes (4-3-3, 4-2-3-1, 3-5-2 y 4-4-2) e hizo debutar a Ezequiel Barco (17 años), Gonzalo Rehak (23) y Fabricio Bustos (20).

Para su primer partido debió esperar 87 días. El 8 de agosto, el Rojo perdió 1-0 ante Defensa y Justicia por los 16vos. de final de la Copa Argentina. Mientras que en la Copa Sudamericana quedó eliminado por penales frente a Chapecoense, a pesar de no haber recibido goles en el torneo. Así se cerraron dos puertas para el gran objetivo del semestre: clasificar a la Libertadores 2017.

En el torneo doméstico, por su parte, Milito dirigió 14 partidos: ganó seis, igualó cuatro y perdió cuatro. Cayó categóricamente en el clásico ante Racing 3-0 y ante San Lorenzo 2-1, pero le ganó a River 1-0. Actualmente Independiente se ubica noveno, con 22 puntos y está a nueve de Boca, el líder. 

Una de sus mayores falencias fue la falta de gol: hizo 11 y pudo hacer más de uno en tres partidos. Mientras que una de sus mayores virtudes fue la defensa: recibió 10 tantos y no le convirtieron en 12 de los 19 encuentros. Luego de seis meses y 25 días y con un porcentaje del 52% de efectividad, producto de ocho triunfos, seis paridades y cinco derrotas, finalizó el ciclo Milito como técnico del Rojo.