Juan Manuel Trejo dejó Independiente en agosto del 2016 para jugar a préstamo en Quilmes por un año. El semestre del volante fue muy pobre el técnico Alfredo Grelak le avisó que no lo tendrá en cuenta y una oferta para lograr su salida.

Desde su llegada a Quilmes Trejo tuvo muy poco rodaje. Apenas jugó 3 partidos con la camiseta del Cervecero (1 de titular y en 2 ingresó desde el banco).

Aún le quedan seis meses de contrato en Quilmes, pero el entrenador le dijo que no lo tendrá más en cuenta. En la institución del Sur pretenden rescindir el vínculo, pero tanto los representantes del jugador como Independiente le están buscando una salida para que siga a préstamo en otro club.