Independiente disputó en el segundo semestre del año, el Torneo Clausura 2025, donde el rendimiento fue negativo y no se clasificó a la siguiente fase.

Terminó en el puesto 11 con 18 puntos producto de 4 victorias, 6 empates y 6 derrotas. Quedó a 3 puntos de Talleres, último clasificado a playoffs, y a 13 de Rosario Central, líder de la Zona B. Gabriel Ávalos fue el goleador del Rey de Copas con 4 tantos, mientras que Rodrigo Rey tuvo 7 vallas invictas.

Con un ciclo desgastado de Julio Vaccari en Independiente, el equipo se vino a pique y se enfrentó una crisis futbolística inesperada en comparación al anterior semestre. Comenzó el campeonato con caras nuevas: Walter Mazzantti, Facundo Zabala, Matías Abaldo, Milton Valenzuela, Ignacio Pussetto y Leonardo Godoy.

Empezó la competencia sin conocer la victoria y extendió la pésima racha a 13 partidos sin ganar por el torneo local. Con un juego espantoso y un equipo sin reacción, Vaccari rescindió su contrato con Independiente. Llegó el interinato de un solo encuentro de Carlos Matheu, que logró un empate 1-1 frente a San Lorenzo. Ya en la próxima fecha en el clásico contra Racing, Gustavo Quinteros tomó las riendas.

Los problemas continuaron aunque en su debut empató 1-1 con la Academia y luego de 4 fechas más, empezó el buen andar. Aún con tantos tropiezos inéditos, como contra, Banfield (caída 1-0), Lanús (caída 2-0) y San Martín de San Juan (caída 1-0), llegó a la última jornada dependiendo de los demás y de sí mismo para pasar de fase.

Levantó sobre el final del campeonato ganando partidos difíciles e importantes frente a Atlético Tucumán (3-0), Deportivo Riestra (1-0) y Rosario Central (1-0), pero no le alcanzó para finalizar entre los 8 mejores y se despidió temprano del campeonato.