Independiente participó de la Copa Sudamericana 2025, donde llegó a los 8vos de final y quedó descalificado por los incidentes que ocurrieron en el partido con la Universidad de Chile.
Terminó en la primera posición del grupo A, con 12 puntos por 4 victorias y 2 derrotas, con 16 goles a favor y 10 en contra. Quedó a 5 puntos de Nacional Potosí, último clasificado a playoffs, y a 4 de Guaraní, escolta del grupo.
En la ida por los 8vos de final chocó con Universidad de Chile, en el Estadio Nacional, y la victoria fue para la U por 1-0, con gol de Lucas Assadi. Cuando el Rey de Copas buscó el empate, a Matías Abaldo lo terminaron expulsando sobre el final.
Para la vuelta en Avellaneda el encuentro iba 1-1, con los tantos de Santiago Montiel y de Lucas Assadi. Sin embargo, a los 50′ por los graves incidentes en la parcialidad visitante se suspendió.
El 4 de septiembre la Conmebol dio por finalizado el encuentro y sancionó a ambos equipos, pero dio como ganador de la serie a Universidad de Chile. Al Rojo lo descalificaron de la competencia injustamente y de la manera más dura.
